百度 LinearFold 病毒RNA分析从55分钟缩短至27秒

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1月30日消息根据百度官方的消息,百度免费开放LinearFold算法,可将病毒RNA分析从55分钟缩短至27秒。

引起武汉肺炎的新型冠状病毒(2019-nCoV)与“非典”病毒、艾滋病毒、埃博拉病毒、流感病毒一样,都属于RNA病毒,其单链结构导致病毒更容易变异、不易开发疫苗。与2003年的“非典”病毒相比,新型冠状病毒同时具有潜伏期长的特点,并且其潜伏期仍具有较高传染性,防控工作成为与“时间”赛跑的竞速赛。

百度 LinearFold 病毒RNA分析从55分钟缩短至27秒

百度 LinearFold 病毒RNA分析从55分钟缩短至27秒

RNA序列有丰富的空间结构,而这些结构能决定RNA的功能,进而帮助设计分子药物和分子检测仪。传统上,RNA二级结构预测需要三次方时间复杂度的算法,也就是说,如果序列长度翻一倍的话,就要付出8倍的计算时间,这对于RNA病毒基因组这样的超长序列(例如艾滋病毒有约1万个碱基,埃博拉病毒有约2万个碱基)需要很长的等待时间。而冠状病毒(包括非典病毒和这次的新冠病毒)的基因组又是所有RNA病毒里最长的,长达3万个碱基,最快的经典算法也需要55分钟。百度LinearFold算法仅需27秒就能解出新型冠状病毒全基因组的RNA二级结构,对科学家深入了解武汉肺炎基因组的性质以及设计针对性药物提供了有用信息。

与此同时,百度开放LinearFold网站给全世界科学家免费使用,较同类网站相比,在RNA结构预测速度和序列长度方面,该网站都具有明显优势,在预测速度上无出其右,而且能处理的最长序列长度达10万碱基,能满足对RNA病毒全基因组结构预测的要求。

百度表示,今天,百度研究院宣布将向各基因检测机构、防疫中心及全世界科学研究中心免费开放线性时间算法LinearFold以及世界上现有最快的RNA结构预测网站,以提升新型冠状病毒RNA空间结构预测速度,助力疫情防控。

如有需RNA结构预测算法和技术支持的科研单位、防疫部门等,可联系百度研究院黄亮博士lianghuang baidu.com。

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